Сюжет Final Fantasy III являет собой незатейливую историю о спасении мира от надвигающейся Тьмы, разбавленную попурри из натасканных отовсюду фэнтезийных клише. За какой-то час можно встретиться со страдающим амнезией молодым человеком, побывать в логове Бахамута, превратиться в лилипута и сразиться с гигантской крысой, получить у викингов корабль, посетить живущую в страхе перед тираном деревню и поговорить с провидцами, узнав, что судьба велит вышеупомянутому молодому человеку явиться в страшную черную башню близ таинственного водоворота.