Rune Factory - A Fantasy Harvest Moon предлагает игрокам фантастический геймплей, включающий в себя все основы - выращивание урожая, ухаживание за домашним скотом, поиски друзей и даже женитьба. Игра начинается с того момента, когда главный герой просыпается в неизвестной деревушке под названием Karida. Этот самый персонаж не помнит, кто он и как попал в эту деревню. Однако одна весьма красивая женщина по имени Mist решает ему помочь, кормит его и поит. Взамен герой должен будет помогать ей на ферме. Из-за того, что у главного героя плохо развиты способности по садоводству он делает вывод, что раньше был воином и меч ему гораздо ближе, чем лопата. Используя свои боевые навыки, персонаж должен будет пробивать себе дорогу в темные пещеры, наполненные монстрами. Вскоре становится понятно, что хождение по пещерам - это единственный путь к познанию того, кем был наш герой в прошлом...